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La présence des espèces inscrites dans l’annexe II, voire IV, de la Directive Habitats doit être signalée en vue de l’élaboration du documents d’objectifs du site Natura 2000 de la Vallée de la Boutonne. La conservation de leur population et de leurs habitats doit être pris en compte afin de favoriser la biodiversité du site. Cet inventaire permet de compléter les données du formulaire standard d’instruction du DOCOB. Il doit permettre de prendre en compte certains taxons dans les actions de conservation et de suivi qui seront proposées par la suite. L’inventaire a permis de recenser :
  16 espèces de chiroptères, 6 sont inscrites à l’annexe II de la Directive Habitats et 10 à l’annexe IV.
  2 espèces de mammifères semi-aquatiques, la loutre et le vison d’Europe, tous les deux inscrits à l’annexe II de la Directive Habitat.
  3 espèces d’amphibiens inscrites à l’annexe IV, la rainette arboricole, le crapaud accoucheur et le crapaud calamite. Et 2 espèces sont également inscrites dans l’annexe II, le sonneur à ventre jaune et le triton crêté.
  1 espèce de lépidoptère, le Cuivré des marais, ainsi qu’une espèce de coléoptère, la Rosalie des Alpes, toutes les deux sont inscrites à l’annexe II.