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La spécificité de la réserve naturelle de Lilleau des Niges tient au nombre important d’oiseaux migrateurs et hivernants qui viennent sur le site. Il sert à la fois de reposoir à marée haute pour les limicoles, et de remise diurne pour les canards de surface. La réserve est également un site d’accueil de nicheurs à forte valeur patrimoniale. On y trouve des habitats d’intérêts communautaire. La pérennité de ces milieux et des espèces protégées dépend de la gestion technique et administrative de la réserve, qui doit néanmoins trouver sa place au sein du contexte socio-économique et environnemental de l’île de Ré. Pour répondre à l’ensemble des problématiques posées tout en gérant ce patrimoine remarquable, des plans de gestion sont rédigés tous les 4 ans. Ceux-ci planifient les opérations à mener grâce à un calendrier mensuel. Un rapport présente le plan de gestion pour la période 2002-2006. Il propose en un bilan de la période précédente, avant de présenter les nouveaux objectifs et les stratégies à mettre en œuvre pour les atteindre.