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La vallée des Eaux-Claires fait partie d’un complexe écologique exceptionnel et doit à ce titre faire l’objet de mesures de conservation. C’est dans ce cadre, qu’en 1999 a été menée l’étude écologique du site sur la commune de Puymoyen. Le rapport de cette étude décrit la méthodologie employée avant de présenter l’inventaire écologique de la zone étudiée, en terme d’espèces animales, végétales et en terme de phytososciologie (groupement végétaux et notion d’habitat). Puis il en dresse le diagnostic écologique mettant en évidence les éléments patrimoniaux au regard des connaissances et de la législation en vigueur. Enfin, il précise les critères qui permettent de maintenir ou de développer les divers éléments de ce patrimoine exceptionnel, et propose des pistes de gestion écologique visant à le conserver et à le valoriser.