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La diversité d’habitats (18 dont 4 d’intérêt communautaire) présente sur le marais de Clussais-la-Pommeraie et son caractère hygromorphe favorisent la présence d’une flore et d’une faune patrimoniales importantes. On recense 10 plantes patrimoniales, dont 4 protégées, 5 espèces d’oiseaux et 4 espèces d’orthoptères déterminants au niveau régional, 5 espèces d’ amphibiens d’intérêt communautaires et 7 espèces de lépidoptères protégées. Ces habitats ont été maintenus à un stade herbacé grâce à l’entretien par fauche réalisé depuis 1996 par le Conservatoire d’Espaces Naturels. Le pâturage de ces milieux serait cependant plus bénéfique favorisant une atteinte moindre sur le milieu et un apport potentiel en biodiversité (faune associée). D’autres opérations telles que le débroussaillage de fossés ont permis à certaines plantes (Fluteau nageant, Gratiole officinale) de recoloniser ce milieu. Il paraît indispensable de prendre en compte les caractéristiques de l’ensemble de ce secteur pour avoir une vue globale des populations d’espèces patrimoniales présentes (flore, lépidoptères, orthoptères). La mise en compte de la proximité des sites devra permettre le fonctionnement en métapopulation des insectes afin d’assurer la stabilité et la pérennité de leurs populations et des populations dépendantes. Au regard du diagnostic écologique, l’action du Conservatoire d’Espaces Naturels, grâce à la maîtrise foncière d’une partie du site et la gestion mise en place, a permis au milieu de se stabiliser et à la plupart des espèces patrimoniales présentes de se développer.